Não entendi muito bem o que você perguntou, mas, irei responder do jeito que eu entendi.
Após a reinstalação da CMS pelo Painel do Emulador da Host em questão, basta acessar o link do hotel e ver se a mesma foi aplicada.
As configuração do emulador são automáticas.
Em caso de alteração da CMS por uma de fora da Host, o que se deve fazer?
Primeiramente, sugiro que antes de apagar os arquivos atuais de seu cPanel para enviar os novos, mantenha o “client.php” e substitua pela da CMS externa pois normalmente nas Host, basta apenas configurar o arquivo de conexão com o MySQL que já basta, não precisa por IP de SWF nem Emulador, só nome de usuário, senha e o nome da DB.
Caso a CMS que queira por é configurada do modo “padrão”, ou seja, data-classes, sugiro também que mantenha a pasta data-classes e substitua pela da CMS externa².
Como eu disse, não entendi muito bem o que você quis dizer.
Espero ter ajudado.